1. Може да се използва като фармацевтичен, пестицид, багрило и други междинен синтез на органичен синтез. Може да се използва за синтезиране 2- амино-пиримидин, 2- amino -6- метилпиримидин, 2- amino -4, 6-}} диметилпиримидин, а и междинно лекарство за производството на сулфоннамидид, като като сулфаметоксазол, сулфаметоксазол и сулфаметоксазол.
2. Гуанидин хидрохлорид (или гуанидин нитрат) реагира с етил цианоацетат, за да се образува 2, 4- диамино -6- хидроксипиримидин, който се използва за синтезиране на антианемията. Може да се използва и като антистатичен агент за синтетични влакна.
3. Може да се използва и като протеин денатуриращ агент.
4. като силен денатуриращ агент в експеримента за извличане на обща РНК от клетките. Разтворът на гуанидин хидрохлорид може да разтвори протеините, причинявайки структурно увреждане на клетките и вторична структура на ядрените протеини, които се отделят от нуклеинови киселини. В допълнение, RNases могат да бъдат инактивирани чрез намаляване на агентите като гуанидин хидрохлорид.